Dahulu perpustakaan di SMP Yapis Manokwari juga seperti perpustakaan sekolah Bapak Ibu sekarang, tempatnya tidak menarik, tapi berkat kerjasama dewan guru untuk memajukan perpustakaan sekolah, sehingga sekarang SMP Yapis merupakan sekolah pertama di Manokwari yang memiliki perpustakaan berakreditasi A
